Coréférence événementielle cross-document dans les dossiers électroniques patient
Axe : DataSense, tâche 2
Sujet : Coréférence événementielle cross-document dans les dossiers électroniques patient
Directeurs : Aurélie NÉVÉOL, LIMSI, Xavier TANNIER, LIMSI, Olivier FERRET, IHRIM
Institution :LIMSI & CEA list
Laboratoire gestionnaire : LIMSI
Doctorant : Julien TOURILLE
Début :01/10/2015
Date de soutenance : 18/12/2018
Productions scientifiques :
- LIMSI-COT at SemEval-2017 Task 12: Neural Architecture for Temporal Information Extraction from Clinical Narratives – Julien Tourille, Olivier Ferret, Xavier Tannier, Aurélie Névéol – 2017 – Proceedings of the 11th International Workshop on Semantic Evaluation (SemEval-2017)
- Tourille, Julien, Ferret, Olivier, Tannier, Xavier, Névéol, Aurélie. LIMSI at SemEval-2017 Task 12: Neural Architecture forTemporal Information Extraction from Clinical Narratives in Proceedings of the 11th International Workshop on Semantic Evaluation (SemEval 2017).
- Tourille, Julien, Ferret, Olivier, Tannier, Xavier, Névéol, Aurélie. Temporal information extraction from clinical text in Proceedings of the European Chapter of the ACL (EACL 2017, short paper). Valencia, Spain, April 2017.
- Tourille, Julien, Ferret, Olivier, Névéol, Aurélie, Tannier, Xavier. LIMSI-COT at SemEval-2016 Task 12: Temporal relation identification using a pipeline of classifiers in Proceedings of the 10th International Workshop on Semantic Evaluation (SemEval 2016). San Diego, USA, June 2016. Selected for the « Best of SemEval 2016 »
- Tourille, Julien, Ferret, Olivier, Névéol, Aurélie, Tannier, Xavier. Extraction de relations temporelles dans des dossiers électroniques patient. in Actes de la Conférence Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN 2016, article court). Paris, France, July 2016.
Autres résultats :
- Campagne d’évaluation ClinicalTempEval 2016 & 2017.
- 2016, résultats très encourageants,
- 2017, meilleurs résultats de l’ensemble des participants, dans la plupart des tâches.
Ressources :
Contexte :
L’analyse rétrospective des parcours de santé donne une vision synthétique de la prise en charge d’une pathologie. Elle permet de comparer les prises en charge effectives avec les recommandations de bonne pratique afin d’évaluer la qualité des parcours de soin, d’identifier des éléments du parcours demandant une prise en charge spécifique et d’améliorer la démarche diagnostique ou thérapeutique.
Le projet COT propose d’utiliser les méthodes de traitement automatique de la langue pour faciliter cette analyse. Julien Tourille travaillera sur le contenu textuel des dossiers patients pour développer des outils adaptés à la langue biomédicale permettant de repérer les événements saillants de l’historique médical du patient et les marqueurs temporels associés afin de les agréger dans une chronologie synthétique.
Objectif scientifique:
La première partie du travail consistera à détecter correctement les expressions temporelles utilisées dans le corpus. Ces expressions temporelles peuvent être des dates absolues (ex : le 14 janvier 2008) mais aussi des dates relatives qui nécessiteront une phase de résolution ou de normalisation (ex : le 14 janvier dernier). Cette étude permettra ensuite d’adapter les outils d’analyse temporelle existants, construits principalement pour le domaine journalistique. L’équipe pourra s’appuyer sur des études similaires effectuées pour la langue anglaise (Leaman et al. 2013, Fan & Friedman 2011, Zhu et al. 2013, Mork et al. 2013).
L’étape suivante portera sur la coréférence cross-document. L’ensemble des informations présentes dans les documents seront filtrées afin d’établir une chronologie synthétique des événements les plus importants.
Les chronologies obtenues seront comparées avec les parcours de référence (élaborés avec le concours des médecins) et avec les protocoles standards de prise en charge.
Perspectives :
Le projet présente de nombreux intérêts du point de vue de la problématique e-Santé. Trois objectifs principaux ont été établis :
- l’obtention d’un document synthétique et visuel de l’évolution du patient ;
- la comparaison des protocoles de suivi en vigueur et des prises en charge effectives
- L’analyse des différences de traitement entre dossiers similaires et la découverte de nouveaux liens entre phénotypes et traitements.